cuetools, shntoolsをインストールします。
sudo apt-get install shntools
そして、次を実行します。
shnsplit fuga.wav -f hoge.cue -t %n-%t
これでfuga.wavをhoge.cueに従って分割します。
分割後は-tオプションで指定しているので"(曲順)-(タイトル名)"となります。
他のオプションとして、
-d 出力先を指定する。出力先を一階層下にしてまとめると便利です。
-O always 上書き保存を許可する